Berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud No. 076/U/1980 Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga ditetapkan sebagai PSK-I 14 Program Studi dan dalam perkembangannya telah ditetapkan menjadi 21 Program Studi yaitu :

1. Program Studi Ilmu Penyakit Dalam
2. Program Sutdi Ilmu Kesehatan Anak
3. Program Studi Ilmu Bedah Umum
4. Program Studi Ilmu Kebidanan & Penyakit Kandungan
5. Program Studi Ilmu Penyakit THT
6. Program Studi Ilmu Penyakit Mata
7. Program Studi Ilmu Kesehatan Kulit dan Kelamin
8. Program Studi Ilmu Penyakit Saraf
9. Program Studi Ilmu kedokteran Jiwa (Psikiatri)
10. Program Studi Ilmu Penyakit Jantung
11. Program Studi Ilmu Penyakit Paru
12. Program Studi Radiologi
13. Program Studi Anestesiologi & Reanimasi
14. Program Studi Ilmu Kedokteran Forensik
15. Program Studi Patologi Anatomi
16. Program Studi Patologi Klinik
17. Program Studi Ilmu Bedah Orthopaedi & Traumatologi
18. Program Studi Urologi
19. Program Studi Ilmu Bedah Saraf
20. Program Studi Ilmu Kedokteran Fisik & Rehabilitasi
21. Program Studi Bedah Plastik

Sedangkan Program Studi yang saat ini masih dalam penetapan Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdiknas adalah:
1. Andrologi
2. Mikrobiologi Klinik
3. Bedah Toraks dan Kardiovaskular

Sementara ini sedang berjalan kerjasama dengan Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Airlangga untuk penyelenggaraan Dokter Gigi Spesialis Bedah Mulut.